<更新の履歴>
4月23日
・P450 2B4 (pdbid=1PO5)
1PO5 (1) リガンド:ヘム+鉄
1PO5 (2) リガンド:ヘム+鉄(緑)
5月 7日
・上皮成長因子 Epidermal Growth Factor
X線構造 (pdbid=1JL9) <= 「X線構造 (pdbid=1EPI)」 となっていましたが、訂正です。すみません。(6/13 1:30)
1JL9 (1)
1JL9 (2)
NMR構造1 (pdbid=1EPI)
1EPI (1)
1EPI (2)
NMR構造2 (pdbid=1EPJ)
1EPJ (1)
1EPJ (2)
5月14日
・ウシ ロドプシン Bovine Rhodopsin (pdbid=1F88)
1F88 (1) リガンド:レチナール retinal
1F88 (2) リガンド:レチナール retinal
・ヒト ロドプシン Human Rhodopsin
ヒトロドプシンとウシロドプシン(1F88)のアライメント(ホモロジー＝93.39%)
(上段:ヒトロドプシンのアミノ酸配列、下段:ウシロドプシン(1F88)のアミノ酸配列)
ホモロジーモデリングソフトFAMSにより予測されたヒト ロドプシン (1)
ホモロジーモデリングソフトFAMSにより予測されたヒト ロドプシン (2)
ウシ ロドプシン(1F88)とヒト ロドプシンの重ね合わせ
(水色:ウシ ロドプシン 茶色:ヒト ロドプシン)
・ヒト アドレナリンβ2受容体 Human beta adrenergic receptor 2
ヒトβ2受容体とウシロドプシン(1F88)のアライメント(ホモロジー＝22.16%)
(Query行:ヒトβ2受容体のアミノ酸配列、Sbject行:ウシロドプシン(1F88)のアミノ酸配列)
ホモロジーモデリングソフトFAMSにより予測されたヒト β2受容体 (1) リガンド:アドレナリン
ホモロジーモデリングソフトFAMSにより予測されたヒト β2受容体 (2) リガンド:アドレナリン
5月21日 (6/13 19:30 追加)
・ウシ トリプシン Bovine Trypsin と BPTI(Bovine Pancreatic Trypsin Inhibitor) の複合体 (pdbid=2PTC)
2PTC 水色:ウシトリプシン 、オレンジ:BPTI 、赤い点:水分子
ウシ トリプシンの触媒トライアード catalytic triad(下図 青○部分)
ウシ トリプシンとBPTIの水分子を介した相互作用の様子(下図 赤○部分)
5月28日 (6/13 22:00 追加)
・ヒト プラスミン Human Plasmin (pdbid=1BUI,1BML,1DDJ)
1BUI ヒトプラスミン(水色)とスタフィロキナーゼ Staphylokinase(オレンジ)の複合体
1BML ヒトプラスミン(水色)とストレプトキナーゼ Streptokinase(オレンジ)の複合体
1DDJ ヒトプラスミン単独構造(プラスミノーゲンアクチベータなし)
1BUI(黄緑)と1BML(緑)の重ね合わせ (水色:スタフィロキナーゼ、オレンジ:ストレプトキナーゼ)
スタフィロキナーゼとストレプトキナーゼの立体構造アライメント(ホモロジー＝17.8%)
スタフィロキナーゼ(水色)とストレプトキナーゼ(オレンジ)の重ね合わせ (1)
スタフィロキナーゼ(水色)とストレプトキナーゼ(オレンジ)の重ね合わせ (2)
1BUI(水色)と1DDJ(黄緑)の重ね合わせ (1) (オレンジ:スタフィロキナーゼ、赤:Deoxo-methyl Arginine(*1))
1BUI(水色)と1DDJ(黄緑)の重ね合わせ (2) (オレンジ:スタフィロキナーゼ、赤:Deoxo-methyl Arginine(*1))
(*1 Deoxo-methyl Arginineは、1BUIに含まれているプラスミンインヒビターです。)
6月 4日 (6/15 02:00 追加)
・ヒト チロシンカイネース Tyrosine Kinase (pdbid=1OPL,1OPJ,1PKG,1AD5)
1OPL C-Abl tyrosine kinase ligand:P16,MYR
1OPJ C-Abl tyrosine kinase ligand:ST1,MYR
1PKG C-Kit tyrosine kinase ligand:ADP
1AD5 Src family tyrosine kinase ligand:ANP
1OPL(水色)と1OPJ(緑)の重ね合わせ 青:P16,MYR(1OPL)、赤:ST1,MYR(1OPJ)
1OPL(水色)1PKG(緑)の重ね合わせ (1) 青:P16,MYR(1OPL)、赤:ADP(1PKG)
1OPL(水色)1PKG(緑)の重ね合わせ (2) 青:P16,MYR(1OPL)、赤:ADP(1PKG)、オレンジ:ST1(1OPJ)
1OPL(水色)1PKG(緑)の重ね合わせ リガンド周辺拡大 青:P16(1OPL)、赤:ADP(1PKG)、オレンジ:ST1(1OPJ)
1OPL(水色)1PKG(緑)の重ね合わせ リガンドのみ 青:P16(1OPL)、赤:ADP(1PKG)、オレンジ:ST1(1OPJ)
1PKG(水色)と1AD5(緑)の重ね合わせ 青:ADP(1PKG)、赤:ANP(1AD5)
1PKG(水色)と1AD5(緑)の重ね合わせ リガンドのみ 青:ADP(1PKG)、赤:ANP(1AD5)
6月11日 (6/16 11:00 追加)
・免疫系 Immune System (pdbid=1HHJ,1DLH,1FYT,1JL4,2QIL)
1HHJ MHC class I (Major Histocompatibility Complex class I)
1DLH MHC class II(Major Histocompatibility Complex class II)
1FYT MHC class II と TCR(T Cell Receptor) の複合体
1JL4 (1) MHC class II と CD4 の複合体 (正面)
1JL4 (2) MHC class II と CD4 の複合体 (横)
MHC class I(1HHJ)とMHC class II(1DLH) の重ね合わせ
TCR・MHC class II・CD4 複合体 (正面)
TCR・MHC class II・CD4 複合体 (横)
2QIL スーパー抗原 TSST(Toxic Shock Syndrome Toxin)
TCR・MHC class II・TSST 複合体
MHC class IとMHC class IIを重ね合わせた時のTCRのずれ
6月18日 (6/18 22:00 追加,6/19 0:00 更新,6/19 16:30 更新)
・MMP Matrix MetalloProteinase (pdbid=2TCL,3AYK,1EAK,1CK7,1D5J,1SLM,1UEA,1CQR,1BQQ,1RM8)
2TCL MMP-1 X線構造 ligand:R04
3AYK MMP-1 NMR構造 ligand:CGS
1EAK MMP-2(72KDa Type IV Collagenase) ligand:inhibitor peptide
1CK7 MMP-2(72KDa Type IV Collagenase)
1D5J MMP-3 ligand:MM3
1SLM MMP-3
1UEA MMP-3とTIMP-1(Tissue Inhibitor of MetalloProtease-1)の複合体
1CQR MMP-3
1BQQ Membrane-type MMPとTIMP-2の複合体
1RM8 MMP-16 ligand:BAT(Batimastat,BB94)
2TCL(X線)と3AYK(NMR)の重ね合わせ
1EAK(MMP-2)と1CK7(MMP-2)の重ね合わせ
1D5J(MMP-3,MM3)と1SLM(MMP-3)の重ね合わせ
1D5J(MMP-3,MM3)と1UEA(MMP-3,TIMP-1)の重ね合わせ
1D5J(MMP-3,MM3)と1CQR(MMP-3,リガンドなし)の重ね合わせ
1UEA(MMP-3)と1BQQ(Membrane-type MMP)のアライメント(ホモロジー＝50.0%)
1UEA(MMP-3,TIMP-1)と1BQQ(Membrane-type MMP,TIMP-2)の重ね合わせ
1RM8(MMP-16)と3AYK(MMP-1)のアライメント(ホモロジー＝52.9%)
1RM8(MMP-16,BAT)と3AYK(MMP-1,CGS)の重ね合わせ