PDFAMSツ-ル リリ-ス予定

PDFAMSによる複数のモデルからの最良モデル自動判別ツ-ル

2006年夏に開催されましたタンパク質立体構造予測の国際コンテストCASP7(Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction)において、株式会社インシリコサイエンスアドバイザーの北里大学梅山教授は、200を超える参加グループの中で世界最高レベルの成績をおさめました。
そのCASP7で多数のモデルから最適なモデルを選び出し、著しくモデルの精度を向上させることに成功したクウォリティーアセスメントプログラム(CIRCLE)をPDFAMSに組込みました。
PDFAMSと同様にFASTA形式でアミノ酸配列を入力しますと、各種アライメントツール(PDFAMSではPDB 95% NRに対するRPS-BLASTだけですが、PDB 95% NR、Pfam、NCBI NRなどのデ-タベ-スにFASTA、BLAST、PSI-BLAST、IMPALA、PSI-PREDを組み合わせて実行)から得られるアライメントデ-タの中から、PDFAMSで有意な数だけモデリングをしたのち、CIRCLEでそれらモデルの順位付けをに行い、最良のモデル構造がどれかを探しだす機能を有するツ-ルです。
本ツ-ルにご関心があります方は、お問い合わせフォ-ムからお願いいたします。

CASP7の結果、CIECLEの詳細:
Proteins, 69, Suppl 8, 98-107 (2007)
特許出願2006-316356現未公開

ProteinDiscoveryのご紹介

-タンパク質立体構造予測技術を基盤に-
創薬を行うにあたり、タンパク質の立体構造を知ることは必要不可欠です。 しかし、一般にタンパク質の立体構造を精度良く求めることは非常に困難で、 かつ熟練を要する作業となります。
弊社では北里大学薬学部梅山秀明教授を中心に培われた基盤技術を活かした ProteinDiscovery製品群の開発・販売・サポートを行っています。 その中核を担うのがタンパク質構造予測ツールPDFAMSシリーズ ソフトウェアであり、 様々なオプションモジュールを追加することで 多彩な機能や世界トップレベルの予測精度を実現することが可能です。 その成果の一端として、新型肺炎である重症急性呼吸器症候群SARSのタンパク質立体構造を予測することに成功し、世界に先駆けてモデル構造を公開しています。 		Rep
PDFAMSシリーズ ソフトウェアにより予測されたSARSウィルスのRNA Polymerase立体構造 <,tr>
ただいまSARSタンパク質構造を無償提供中！

新着情報

2008年6月23日 6月20日(金)に北里大学薬学部コンベンションホールにおいて「構造活性フォーラム2008《標的蛋白質志向のケミカルバイオロジーと構造活性相関》」が開催され、弊社技術アドバイザーの北里大学薬学部梅山秀明教授が『高能率インシリコパイプライン研究とドッキング医薬品侯補化合物の選択』の演題で講演しました。New!
2008年5月2日 お問い合わせに対するお答え：どのようにアミノ酸置換を行なえば、より高い生理活性をもつタンパク質が予測できそうか。New!
2008年4月26日 タンパク質の基質置換を１残基置換によって行なう方法を開始いたしました。
2008年4月26日 インシリコサイエンスが出願している特許を公開いたしました。
2008年4月25日 タンパク質の１残基置換を自由エネルギーの安定化を指標としてリストアップするビジネスを始めました。Choline dehydrogenase, mitochondrial precursor (CHD)を例に自由エネルギーの安定な１残基置換タンパク質の創製を予測しています。
2008年4月23日 特願2002-547051タンパク質の立体構造構築方法(WO2002/044954 日本のみ移行)が特許査定されました。
2008年4月22日 平成20年6月20日(金)北里大学薬学部コンベンションホールで構造活性フォーラム2008「標的蛋白質志向のケミカルバイオロジーと構造活性相関」が開催されます。インシリコサイエンスの技術アドバイザーの梅山秀明北里大学薬学部教授が「高能率インシリコパイプライン研究とドッキング医薬品侯補化合物の選択」の演題で講演します。
2008年4月18日 Purdue Universityの木原大亮教授らが作成した大腸菌のタンパク質モデルデータベース(モデリングにPDFAMSを使用)が公開されました。左側コントロールパネルのEcoliPredictボタンから入ることができます。なお簡単なデータベースの説明が、EcoliPredictトップページにあるAbout EcoliPredictをご覧ください。
2008年4月11日 北里大学薬学部３年生の「分子の立体構造と生命」の講義ノートを順次掲載します。PDFAMSでモデリングしたタンパク質とドラッグ複合体のモデルとChooseLD(特願2007-293751、11月12日出願)を使って得られた、フェーズIIやIIIの薬物とそれら受容体との未発表のドッキング相互作用構造が次々と公開されていきます。左側のメニューからお入りください
2008年4月2日 松木強が取締役を辞任し、齋藤智が取締役に就任しました
2008年3月21日 "Dynamic interaction among the platform and two membrane-proiximal immunoglobulin-like domain of class I major histocompatibility complex: normal mode analysis" の研究が Chem.Pharm.Bull.,Vol.56 No.5 (5月号)の表紙に選ばれました。
2008年3月14日 JBIC((社)バイオ産業情報化コンソ-シアム)からのFAMSBASE(タンパク質立体構造デ-タベ-ス)公開終了にともない、人ゲノム上にコ-ド化されているタンパク質について再モデリングしたHuman FAMSBASE(888,625モデル)の商品化を検討しております。
New Human FAMSBASEに関心がお有りの方は、お問い合わせフォ-ムからお問い合わせください。
2008年3月5日 基準振動解析法によりClass I Major Histocompatibility Complex (MHC)分子の三ドメインの相互作用役割を解析した論文が掲載されました。Chem.Pharm.Bull.,56(5),635-641 (2008) Dynamic interaction among the platform and two membrane-proiximal immunoglobulin-like domain of class I major histocompatibility complex: normal mode analysis
2008年3月1日 原子タイプと原子間結合規則を含む化学記述子をターゲットタンパク質の３次元座標から抽出して作成された化合物指紋(Finger Print)セットにフィットする化合物侯補をインシリコスクリーニングする方法ChooseLDを開発しました。特願2007-293751(11月12日出願); Chem.Pharm.Bull.,56(5),742-744 (2008) Bioinformatics based ligand-docking and in-silico screening
2008年2月1日 CAPRI Round 6〜12の成果をProteinsに投稿し、論文に掲載されました CAPRI (the Critical Assessment of Predicted Interaction) は、タンパク質-タンパク質間ドッキング構造予測国際コンテストです。
2007年10月1日 CASP7の成果をProteinsに投稿し、論文に掲載されました
2007年9月25日 渕上欣司が代表取締役を退任し技術顧問に、小松克一郎が代表取締役に就任しました
2007年5月11日 インシリコサイエンス社主催の講演会(味の素株式会社ライフサイエンス研究所鈴木榮一郎理事)と親睦会を銀座かねまつホールで行いました。
2006年12月1日 タンパク質立体構造予測コンテスト(CASP7)で世界最高レベルの成果。インシリコサイエンスアドバイザーの梅山秀明教授（北里大学）が招待講演
2006年 9月29日　�螢ぅ鵐轡螢灰汽ぅ┘鵐垢藩�化学研究所の共同研究成果 RIKEN FAMSBASE の公開に関して、日経新聞、日経産業新聞（９面）、日刊工業新聞（31面） に紹 介記事が掲載されました。
2006年 9月28日　�螢ぅ鵐轡螢灰汽ぅ┘鵐垢藩�化学研究所の共同研究成果 RIKEN FAMSBASE の公開
2006年 9月7日　日経産業新聞　1４面　医療・バイオ　バイオ「これで攻める」に�� インシリコサイエンスの紹介記事が掲載されました。
2006年 6月19日 株式会社インシリコサイエンスはタカラバイオ株式会社と販売提携を結び、共同で新規ゲノム情報の立体構造予測サービスを開始します。
2006年 6月16日 CASP7において、北里大学のFAMS-MULTIチームのモデルが高い評価を受け、「精密なモデル作成 (Targets Refinement)」のコンテストの題材として選ばれました。
2006年 2月18日 日本経済新聞1面にインフルエンザウイルス関連の記事で北里大学梅山研究室が紹介されました。
2006年 1月20日 理化学研究所はインフルエンザウイルスのタンパク質約千6百種類のタンパク質立体構造モデルを無償で公開しました。
2005年 12月16日 北里大学薬学部 竹田ｰ志鷹真由子助教授((株)インシリコサイエンス 技術アドバイザー) 17年度 日本薬学会薬学研究ビジョン部会賞 受賞
2005年 12月1日 株式会社インシリコサイエンスアドバイザーの梅山秀明教授の研究活 動を紹介する記事が「メディカルドゥ」誌に掲載されました。
2005年 11月22日　SFC Entreprenuer Award 2005 Platinum Award（1位）受賞
慶応義塾大学SFC Entrepreneur Award2004にて�螢ぅ鵐轡螢灰汽ぅ┘鵐溝緝充萃�役社長　渕上欣司がPlatinum Award（1位）を受賞。SFC Entrepreneur Awardは、創立から今まで数多くの起業家を輩出しているSFCの歴史を背景に、慶應義塾大学と何らかの関わりをもっている(あるいは関わり持つことを希望している)起業家を発掘し、革新的な技術・ノウハウを活用して、新しい市場を開拓することにより、社会的な貢献を実現しようとする、起業家精神溢れる経営者を表彰します。
2005年 8月15日 日経バイオビジネス　2005年９月号（2005.09 p60-65）に、（株）インシリコサイエンス社が紹介されました。
2005年 4月 7日 北里大学薬学部梅山秀明教授（理化学研究所客員主管研究員、（株）インシリコサイ エンスの研究アドバイザー）が放送大学大学院「物質環境科学�機廚梁�12回「分子の立体構造と生命」と題して講義をします。今年、6月27日（月）の14時半から放映さ れる予定です。
2005年 2月17日　日経産業新聞21面「大学VB人〜知を生かす〜」に、インシリコサイエンスアドバイザーの北里大学薬学部 梅山秀明教授に関連する記事が掲載されました。この記事では、梅山教授の蛋白質立体構造の研究業績とそこから発展して株式会社インシリコサイエンスの事業化に至った経緯が紹介されています。
2004年 12月14日　日経バイオテクに「イ ン シリコサイエンスアドバイザーの竹田- 志鷹真由子 北里大学助教授招待講演」に関連する記事が掲載されました。
2004年 12月17日 タンパク質立体構造予測コンテストで世界最高レベルの成果、インシリコサイエンスアドバイザーの竹田-志鷹真由子 北里大学助教授招待講演
2004年 10月 4日　野村證券の週報 「天眼鏡」（10月4日号）にインシリコサイエンスの事業が紹介されました。
2004年 9月27日 日本経済新聞にタンパク質立体構造デ-タベ-ス開発(世界最大)に関する記事が掲載されました。
2004年 9月 4日 日本経済新聞にSARS治療薬侯補化合物発見に関する記事が掲載されました。
2004年 6月25日 三井物産株式会社との契約締結について
2004年 6月25日 日本経済新聞(夕刊)３面にインシリコサイエンスと三井物産関連の提携に関する記事が掲載されました。
2004年 6月 1日 新製品の発売のお知らせ。幅広い医薬・生命科学の研究者に世界最高精度の蛋白質立体構造予測ソフトを手軽に使っていただくために、PDFAMS Pro に Web User Interface 機能を搭載した PDFAMS Pro+ 販売を開始します。
2004年 3月10日 インシリコサイエンスの「ゲノム創薬支援システムの開発」プロジェクトは平成15年度「公益信託みずほニュービジネス育成基金」助成先9件に選ばれ ました（総応募数210件）。 ( 日刊工業新聞社 2004年3月5日 21面 )
2004年 3月 1日 鳥インフルエンザウイルス Neuraminidase モデル画像を公開しました
2004年 1月23日 日本経済新聞17面にコンピューターシミュレーション関連の記事で北里大学梅山研究室が紹介されました
2003年 12月25日 日経産業新聞1面にPDFAMS関連の記事が掲載されました
2003年 12月 8日 PDFAMS関連の日本SGI発プレスリリース
2003年 10月29日 JBICFAMSBASEサービスのNEWGPCRデータベースに活性型GPCRデータを追加
2003年 10月4日 NHK教育テレビ「ETVライブラリー」（再放送：10月3日金曜日深夜2:15〜放送分）で北里大学梅山研究室が紹介されました
2003年 10月2日 JBICFAMSBASEサービスにNEWGPCRデータベースを追加
2003年 9月10日 西ナイルウイルス増殖関連蛋白質モデル画像を公開しました
2003年 9月 9日 NHKニュース10(9月9日22時〜)で重症急性呼吸器症候群（SARS)の患者がシンガポールで発生したとのニュースが放映されました
2003年 9月 9日 NHKニュース10(9月9日22時〜)でSARSプロテアーゼに結合する医薬品およびリガンド関連のニュースが放映されました
2003年 9月 9日 NHKニュース(9月9日7時〜)で愛媛大学にて小麦胚芽を使ってセルフリーの状態でSARSプロテアーゼを人工合成することに成功のニュースが放映されました
2003年 9月 6日 SARSプロテアーゼに結合する医薬品およびリガンドランキング表を公開しました
2003年 9月 2日 日本経済新聞にSARS新薬関連記事が掲載されました
2003年 8月31日 神奈川新聞に北里大学梅山秀明教授（インシリコサイエンス技術アドバイザー）が紹介されました
2003年 8月19日 ペプチド配列からの構造検索サービスを開始しました
2003年 7月26日 PDB(Protein Data Bank)にてX線解析によるSARS構造データが公開されました
2003年 7月25日 NHK教育テレビサイエンスZERO（総集編：7月29日火曜日深夜0時〜放送分）で北里大学梅山研究室が紹介されました
2003年 7月23日 タンパク質構造有償提供サービスを開始いたしました
2003年 7月18日 JBICFAMSBASEサービスに関する日本SGI発プレスリリース
2003年 7月18日 JBICFAMSBASEサービスにGPCRデータベースを追加
2003年 7月17日 SARS ProteinaseモデルにHIVプロテアーゼ阻害剤Nelfinavir（1OHR）をドッキングしたモデル構造の公開開始
2003年 7月15日 東京医科歯科大と京都大などのグループ、エイズの治療薬NelfinavirがSARS抑制効果があることを発表
2003年 6月17日 NHK教育テレビサイエンスZERO（SARS特集：7月8日火曜日深夜0時〜放送分）で北里大学梅山研究室が紹介されました
2003年 6月15日 日経バイオビジネス7月号にSARSタンパク質立体構造予測関連の記事が掲載されました
2003年 6月11日 SARSタンパク質構造無償提供サービスに関する米国SGI発プレスリリース
2003年 6月 4日 JBiCのWebサイトにおいてFAMSBASEの提供を開始
2003年 5月30日 カナダNew Brunswick大学、予測したSARSウイルスProtease構造を公開
2003年 5月18日 中国グループ、SARSコロナウイルスProtease構造とデザインした阻害剤を公開
2003年 5月16日 Eidogen社、SARSウイルスの蛋白質分解酵素の立体構造を公的データバンクに寄託
2003年 5月13日 独グループ、SARS proteaseの構造を米サイエンス（電子版）に発表
2003年 5月12日 SARSタンパク質構造無償提供サービスに関する日本SGI発プレスリリース
2003年 5月 9日 SARSタンパク質構造無償提供サービスを開始
2002年11月26日 インシリコサイエンス社設立

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